SD Santo Antonius berawal pada tahun 1946 dari kepedulian Pastor Kusters SJ di Paroki St. Antonius Bidara Cina terhadap anak-anak yang belum mendapatkan pendidikan setelah masa kemerdekaan. Kegiatan pembinaan yang dilakukan di garasi gereja kemudian berkembang menjadi Particuliere Algemene Lagere School sebagai cikal bakal sekolah dasar. Seiring meningkatnya jumlah siswa, pada tahun 1952 sekolah ini bergabung dengan Perkumpulan Strada dan berkembang menjadi Sekolah Rakyat Strada dengan fasilitas yang semakin memadai.

Tahun 1972 menjadi tonggak penting dengan berdirinya Yayasan Santo Antonius Bidara Cina di bawah Pastor G. Elling SCJ, yang kemudian mengelola SD Santo Antonius secara mandiri. Perkembangan semakin pesat dengan pembangunan gedung baru pada tahun 1973 yang dilengkapi ruang kelas, ruang guru, dan fasilitas pendukung lainnya. Sejak saat itu, SD Santo Antonius terus berkembang dan menunjukkan kualitas yang baik, hingga memperoleh status akreditasi “disamakan” sejak tahun pelajaran 2000/2001.

Pada tahun 2014, yayasan berubah nama menjadi Yayasan Pendidikan Katolik Leo Dehon (YPKLD), dan SD Santo Antonius tetap menjadi bagian penting dalam pelayanan pendidikan di bawah naungan yayasan tersebut.